始,他的睡眠都十分规律,如果没有什么紧急的事情,他都是凌晨三点睡觉,早上六点起床。
正是规律的睡眠,让他拥有一副好身体,让他能够保持旺盛的精力进行学习研究。
忽然,陈辉双眼微眯。
他在实验记录中注意到了一个被所有人忽略的细节,那批质谱数据是不同时间点0h,1h,6h,24h的采样!
而之前的分析,都下意识地把它们合并处理了,试图找一个静态网络。
但显然,信号通路的激活是一个动态过程!
就像看一场传球比赛,你必须看视频回放,而不是看一张合影,才能知道是谁传给了谁。
灵光乍现,随后便是无数灵光涌现。
就像是敲开了那层遮蔽泉水的纸片,随后便是地涌金泉!
陈辉立刻转向了动态贝叶斯网络和时间序列分析,他将不同时间点的数据按照其内在时间关系串联起来。
他构建模型,追踪每一个信号蛋白的磷酸化水平随时间变化的轨迹。
通过分析这些轨迹之间的时间先后顺序和协变关系,因果关系的推断变得前所未有的清晰,是A蛋白的激活 consistently发生在B蛋白之前,那么A是B因的可能性就极大提高了。
迷雾瞬间散开!
动态模型清晰地显示,特定的EGFR突变体首先快速招募并激活了一个适配器蛋白,然后这个适配器蛋白在某个特定时间点意外地激活了PKCδ,PKCδ进而绕过经典的RAS蛋白,直接磷酸化并激活了下游的RAF同工酶,从而抄近路驱动了整个促增殖通路。
陈辉很快找到了一条经过动态时间序列数据验证的、高置信度的非经典通路模型,突变EGFR->Gab1->PKCδ->CRAF->MEK->ERK。
他还利用这个模型预测了几个关键节点,如果抑制PKCδ,就应该能特异性地阻断这条非经典通路,逆转耐药性,他甚至还预测了抑制后下游各蛋白磷酸化水平下降的先后顺序和大致幅度。
……
早上八点,唐剑准时来到实验室,提着新鲜的豆浆油条往小会议室走去。
吱呀,
还不等唐剑走进会议室,会议室的门就被推开,陈辉从里面走了出来。
唐剑愣在原地,眼睛一点点睁大。
陈辉在会议室中待了一个多月了,从来没有出来过,现在他出来,是不是意味着,模型构架成功了?
“通知宋教授,准备验证吧!”
陈辉没有卖关子,接过唐剑手中的豆浆油条,自顾自的大快朵颐起来。
八点半,
华夏医学科学院,国家重点肿瘤研究实验室,
二十三人的团队齐聚一堂,大家齐聚大会议室。
“真的假的,他真的完成了模型的构建?”
直到现在,除了唐剑之外,其他师弟师妹们依旧持怀疑态度。
“这么大阵仗,不能是假的吧。”
另一位师弟说到,他不敢想象若那个本科生真是撒谎,到底会闯下多大的祸。
“如果是真的……”
有师弟双眼精光爆闪,“那我们岂不是赶上好时候了。”
他们进行这个研究已经三年了,自然知道它的价值,如果真能证实他们的猜想,这个成果必然是世界级的,以后他们将成为这个领域的绝对权威。
“先别做梦了,看看验证结果再说吧……”
“好了,模型的仿真结果大家都已经看到了,接下来我们需要使用Western Blot-->>
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